Sejarah Akar Institusi dan Transformasi Awal Sejarah UIN Syarif Hidayatullah Jakarta bermula dari berdirinya Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) pada 1 Juni 1957, yang didirikan oleh Departemen Agama untuk mencetak tenaga ahli agama bagi aparatur negara. Perjalanan kelembagaannya semakin kokoh saat ADIA melebur bersama PTAIN Yogyakarta menjadi IAIN Al-Jami’ah al-Hukumiyah pada tahun 1960. Kemudian, berdasarkan Keputusan Menteri Agama pada 25 Februari 1963, institusi ini resmi berdiri mandiri dengan nama IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta, yang mengemban mandat sebagai pusat koordinator pendidikan tinggi Islam untuk wilayah Jakarta Raya, Jawa Barat, hingga Sumatera.

Sejarah Integrasi Keilmuan dan Kemandirian Sejarah modern universitas ini dimulai pada 20 Mei 2002 melalui Keputusan Presiden No. 31 Tahun 2002 yang meresmikan perubahan status dari IAIN menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta. Perubahan ini menandai dimulainya era integrasi antara ilmu agama dan ilmu umum, yang salah satunya diwujudkan dengan berdirinya Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan pada 2004. Kini, sebagai instansi Badan Layanan Umum (BLU) sejak 2008, UIN Jakarta terus berkomitmen pada efisiensi dan kualitas pelayanan publik guna menghasilkan lulusan yang kompetitif dan responsif terhadap perubahan zaman.